Licenciado, professor universitário e doutor em Medicina pelo ICBAS (Instituto de Ciências Biomédicas Abel Salazar), foi nesta faculdade da Universidade do Porto onde desenvolveu toda a sua carreira académica. Em abril deste ano foi eleito pelo Conselho Geral Reitor da Universidade do Porto para o mandato 2018-2022.
Souza Pereira é mestre e doutor pela mesma instituição, onde atingiu a categoria de professor catedrático em 2002. Dois anos depois, assumiu a direcção daquela faculdade, posição que ocupou durante 14 anos até ter assumido a liderança da reitoria.
É também, membro do Conselho Nacional de Ética para as Ciências da Vida eleito pela Assembleia da República, Vice-Presidente do Conselho Estratégico do Instituto Português de Oncologia do Porto, membro do Conselho de Administração do Centro Académico Clínico do ICBAS / Hospital do Porto Centro e do Concelho Centro Hospitalar Estratégico de Vila Nova de Gaia / Espinho.
