Nos últimos 20 anos, Eduardo Salles trabalhou como gestor de empresas do setor agropecuários que atuam em diversas regiões do Brasil. Durante seis anos ele foi superintendente da área agroindustrial do Grupo OAS do Brasil. Em seguida, Eduardo Salles ficou 14 anos à frente da direção do segmento agroindustrial do Grupo Espírito Santo, de Portugal. Na Secretaria Estadual de Agricultura, foi chefe de gabinete e depois assumiu por quatro anos a chefia do órgão.
Por dois anos Eduardo Salles foi presidente do CONSEAGRI (Conselho Nacional dos Secretários de Agricultura) e representou o Brasil nos diversos fóruns de agropecuária. Em seu currículo, Eduardo Salles acumula ainda a por dois mandatos a presidência da Associação dos Produtores de Café da Bahia, a presidência a Câmara Portuguesa de Comércio, da Escola Agrotécnica Federal, de conselhos de administração de empresas públicas e privadas e diretor da Associação dos Agricultores da Bahia e há 12 anos da Associação Comercial da Bahia.
Em 2014, ao conseguir 78.331 votos em 396 dos 417 municípios baianos, conseguiu ser eleito para o seu primeiro mandato como deputado estadual.
Já em 2018, ao disputar vaga na Assembleia Legislativa da Bahia para seguir o seu segundo mandato, conseguiu ser o 5º deputado estadual mais votado com 89.123 votos.